Hút thuốc làm tăng nguy cơ bị ợ chua và trào ngược dạ dày. Sự trào ngược dai dẳng xảy ra nhiều hơn 2 lần/tuần có thể gây ra các vấn đề sức khoẻ nghiêm trọng như các vết loét có xuất huyết trong thực quản, hẹp thực quản khiến thức ăn bị tắc nghẽn và thay đổi ở các tế bào thực quản có thể dẫn đến ung thư. Hút thuốc ảnh hưởng đến toàn bộ cơ thể, tăng nguy cơ mắc phải các bệnh nguy hiểm đến tính mạng. Hút thuốc cũng góp phần gây ra nhiều loại ung thư và các bệnh liên quan đến hệ tiêu hóa. Hút thuốc làm tăng nguy cơ bị loét dạ dày, tăng nguy cơ nhiễm H. pylori, làm chậm lại việc hồi phục loét dạ dày và làm tăng khả năng tái phát loét dạ dày. Dạ dày và tá tràng có chứa axit, enzim và các chất khác giúp tiêu hóa thức ăn. Tuy nhiên, những chất này cũng có thể gây hại đến niêm mạc của các cơ quan này. Hút thuốc không làm tăng sản xuất axit. Tuy nhiên, việc hút thuốc làm tăng sản xuất các chất khác có thể gây hại cho niêm mạc, làm giảm các yếu tố bảo vệ hoặc làm lành vết thương. Hút thuốc ảnh hưởng đến bệnh Crohn (một bệnh viêm ruột gây kích ứng ở đường tiêu hoá). Bệnh thường gây đau và tiêu chảy, thường ảnh hưởng đến phần dưới của ruột non; tuy nhiên, nó có thể xảy ra bất cứ nơi nào trong đường tiêu hóa. Mức độ nghiêm trọng của các triệu chứng ở mỗi người là khác nhau. Bệnh Crohn có thể dẫn đến các biến chứng như tắc ruột non và loét tại vị trí nối giữa khu vực bị ảnh hưởng và mô xung quanh. Hút thuốc cũng ảnh hưởng đến polyp đại tràng. Những người hút thuốc có khả năng phát triển các polyp đại tràng. Polyp đại tràng là những tổn thương nhỏ trên bề mặt bên trong của đại tràng hoặc trực tràng. Một số polyp là lành tính hoặc không ung thư, trong khi một số polyp là ung thư hoặc có thể phát triển thành ung thư. Trong số những người mắc chứng polyp đại tràng thì người hút thuốc thường có polyp lớn hơn, nhiều hơn và có nhiều khả năng tái phát hơn. Hút thuốc ảnh hưởng đến viêm tụy. Viêm tụy là viêm ở tuyến tụy. Tuyến tụy nằm sau dạ dày và gần tá tràng. Tụy tiết ra các enzyme tiêu hóa. Những enzyme này thường không hoạt động cho đến khi chúng đến ruột non. Khi tuyến tụy bị viêm, các enzyme tiêu hóa sẽ tấn công các mô của tuyến tụy.
